Vauchoux représente peut-être une forme diminutive (par le suffixe comtois -ot) de l’ancien français vauce, vallon : petit vallon.

La Saône forme la limite ouest et reçoit, au sud-ouest, la Scyotte, qui traverse la commune de l’est à l’ouest.

On compte 7 habitants de Vauchoux morts durant la guerre de 1914-1918.

Des tombes antiques (dont on n’a pas précisé l’époque) ont été mises à jour près du cimetière, en 1925. Dans un champ, en bordure de la route de Port-sur-Saône, on a trouvé plusieurs squelettes, entourés de murs en pierres sèches.

Dans le cimetière, on y trouve une croix de 1606, avec Crucifix et Vierge à l’enfant, sur la colonne cannelé et portant l’inscription : « Nicoulas Byot de Vaulchols maire et Mgrite Vinot se fem ont faict faire ceste croix » (inscription en ancien français).

L'église

Elle fut construite en 1848. Dans le bas du village, petit château du 18^e Siècle à deux ailes latérales et grille de fer forgé, appartient alors à Claude-François Noirot, chevalier de Vauchoux, colonel dans l’armée française, ami du duc de Lorraine Stanislas Leszczynski. Au 19^e siècle, il appartient à la famille Clerc de Landresse, notamment à Charles César (1801-1867), maire de Besançon et président du conseil général du Doubs.