Le nom de la commune vient d’un nom d’homme germanique « Sigo » et du suffixe « lacum ». Scye faisait partie de la terre de Traves, puis de Scey-sur-Saône.

Une famille portant le nom de Scye est connue depuis le XII^e siècle : Thiébaud, premier du nom vivait en 1199, Ulric en 1256, à la même époque vivait Simon Damoiseau, fils d'Eudes Chevalier, Garin Chevalier en 1279, Renaud Chevalier en 1325, Isabelle Damoiselle vivait quant à elle en 1400.

On ne peut identifier certainement les « piscaria et molendina de Cey et Aliis appenditiis » mentionnés dans la confirmation des biens de Cherlieu par Henri VI en 1196 et on ne peut préciser s’il s’agit de Scye.

On relève au XIV^e et XV^e Siècle un fief dépendant de la famille Jussey qui passa ensuite à celle de Raincourt. Il paraît avoir été peu important. En 1395, Joffroy de Raincourt fit hommage à Guy de Demangevelle du fief qu’il possédait à Scye, venant de Jean de Jussey. Orry de Raincourt (mort en 1369) se disait seigneur de Scye. En 1447, Thiébaud de Raincourt fit don à son frère Simon de la dixième partie des seigneuries de Scey et de Vauchoux. En 1789, la seigneurie appartenait au prince de Bauffremont, seigneur de Traves et de Scey-sur-Saône.