Située dans une vallée étroite entre deux plateaux, la commune est traversée par la Scyotte.

Le village est mentionné dès 1199 (Cya).

Une famille portant le nom de Scye est connue depuis le 13^e siècle.

On relève aux 14^e et 15^e  siècles un fief dépendant de la famille Jussey qui passa ensuite à celle de Raincourt de Scye.

En 1789, la seigneurie appartient au prince de Bauffremont, seigneur de Traves et de Scey-sur-Saône.

L’église actuelle de Scye qui date du 15^e siècle a été entièrement reconstruite en 1850. Seul le chœur du Moyen Age a été conservé.

Elle possède de nombreuses pierres tombales et une fresque du 16^e siècle représentant saint Nicolas.